En el presente trabajo se han utilizado 9 cebadores RAPD para estudiar la diferenciación genética entre los individuos de las poblaciones naturales existentes de Cistus heterophyllus subsp. carthaginensis en Valencia y Murcia. Además, se ha incluido en el muestreo individuos de C. albidus, un individuo híbrido entre C. albidus y C. heterophyllus subsp. carthaginensis y un individuo de C. heterophyllus s. str. del Norte de Africa. Los resultados obtenidos (cluster UPGMA, PCO) avalan la hipótesis de la introgresión genética de los individuos de la población murciana con C. albidus, así como la escasa consistencia taxonómica de la subespecie carthaginensis. Los datos obtenidos resultan de interés respecto a las pautas de conservación y gestión de la especie en la Península Ibérica.